Сюжет «Пингвинов Мадагаскара» строится вокруг самопровозглашенных коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, выполняющих ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации. И когда отряд начинает думать, что город находится под их контролем, у них появляется новый шебутной сосед — король Джулиан.